Agoranın merkezindeki Hıristiyan bazilikasının inşa tarihi uzun soluklu ve karmaşıktır. Muhtemelen M.S. 5. yüzyılda küçük Hellenistik naiskosun yanındaki alan Hıristiyan ibadetlerinin odağı olmuş ve buraya belki de azizlerin eşyalarını saklayan mermer bir sandık koyulmuştur. Bunun üzerine de üç gömü içeren apsisli dikdörtgen bir yapı inşa edilmiştir. Dolayısıyla, söz konusu yapı bazı şehitlere adanmış bir şapel (martyrion) olmalıdır. M.S. 6. yüzyılda hem martyrionu hem de küçük tapınağın işgal ettiği alanı kaplayan bir bazilika yapılmıştır. Tapınağın taşları sökülerek bazilikanın yapımında kullanılmıştır. Cellanın dikdörtgen taşları orijinal yerlerinden hafifçe oynatılarak yeni yapının kuzeybatı köşesindeki duvarın temeline yerleştirilmiştir. Ancak zemin döşemesi yerinde bırakılarak diğer mermerlerin eklenmesiyle uzatılmış ve kuzey nefin zeminini oluşturmuştur. Altta kalan martyrionun yeri muhtemelen sadece mozaik bir yazıtla belirtilmişti (şimdi kaybolmuştur).

Bunun önünde ise, yerel kırmızı mermerle döşenmiş küçük bir odaya bitişik bir narteks yer alır. Güney nefine bitişik başka odalar vardır. Sütun kaideleri orta ve kuzey nefi bölen ve günümüze yer yer gelebilmiş duvarda kullanılmıştır. Ancak, kazılar sırasında agoranın bu alanındaki Bronz Çağı kalıntılarını incelemek için güney ve orta nefler ile narteks kaldırılmıştır.
Bazilika ve çevresi, buluntulara bakılırsa 15. yüzyıla kadar kullanılmış bir mezarlık tarafından işgal edilmiştir. Şimdiye kadar 300 mezar kazılmıştır ve bunların çoğu çocuk gömüleri barındırır. Mezarlar hem inşa tekniği hem de mezar hediyeleri bakımından pek ümit verici değildir.
Bazilikanın dışındaki taş döşeli meydanda yapılan kazılarda, yapının ön cephesinin olasılıkla deprem sonucunda yıkıldığı anlaşılmıştır. Orta Bizans Dönemi’nde ibadet orta nefteki fresklerle süslü küçük bir apsisli yapıda devam etmiştir. Mermerden zarif bir iconostatis bu dönemden kalmadır.
Bazilikanın yanındaki mezarlık içinde bulunan gömülerde kişisel takılar (küpeler, bilezikler, cam kolyeler), elbiselere dikilen küçük nesneler (kopça ve düğmeler) ya da dini buluntular (haçlar) bulunmuştur. Bunlara ilaveten birkaç vazo ve cam ampullae ve nadir bir buluntu olarak bir bronz buhurdan (Milas Müzesi’ndedir) ele geçmiştir.